依据黑龙江省人民委员会黑农字795号文件通知，经省长第163次办公会议通过，黑龙江省农业机械化研究所（我院前身）于1958年3月6日正式成立。原省农业科学研究所农机系并入我所，隶属农业厅领导。
1959年10月，黑龙江省农业机械化研究所的隶属关系由省农业厅改属为新建立的省农机厅领导。
1964年11月6日，省“编委”（编字第16号）和省科委（黑综字第8号）联合下文，将哈尔滨市蔬菜机械化研究所（哈尔滨市农业机械化研究所）的人员、编制和设备并入省农业机械化研究所，隶属关系不变。
1969年5月，成立了以工人为主体的“省农业机械科学研究所”，隶属关系由省农业革委会移至省科技革委会领导。
1970年，经省革委会生产部批准，省农业机械科学研究所的隶属关系划归省农机局领导。
1972年6月16日，所第四次党员大会选举产生了7名党委成员，并通过了5项决议。在健全革委会9人机构的同时，重新启用了“黑龙江省农业机械化研究所”的公章。隶属关系不变。
1978年11月8日，根据省委龙发（78）75号文件：黑龙江省农业机械化研究所正式由县团级单位提升为副局级单位。机构相应扩大，隶属关系不变。
1980年初，我所改革委会领导体制为所长领导制，隶属关系由省农机局领导。
1992年12月17日，省编委下文黑编[1992]184号文件批准，我所正式将“黑龙江省农业机械化研究所”的名称改成“黑龙江省农业机械工程科学研究院”。其机构规格、编制、隶属关系不变。
2000年7月，我省机构改革，省农机局并入省农委，黑龙江省农业机械工程科学研究院的隶属关系也随之划归省农委领导。
2018年12月11日，根据中共黑龙江省委机构编制委员会文件《关于印发黑龙江省农业科学院及所属事业单位机构改革方案的通知》（黑编[2018]190号），黑龙江省农业机械维修研究所并入黑龙江省农业机械工程科学研究院，并入后，黑龙江省农业机械工程科学研究院隶属于黑龙江省农业科学院，公益二类，按副厅级事业单位管理。
黑龙江省畜牧机械化研究所更名为黑龙江省农业机械工程科学研究院齐齐哈尔农业机械化研究所。更名后，黑龙江省农业机械工程科学研究院齐齐哈尔农业机械化研究所隶属黑龙江省农业机械工程科学研究院，公益二类，按正处级事业单位管理。
黑龙江省水田机械化研究所更名为黑龙江省农业机械工程科学研究院牡丹江农业机械化研究所。更名后，黑龙江省农业机械工程科学研究院牡丹江农业机械化研究所隶属黑龙江省农业机械工程科学研究院，公益二类，按正处级事业单位管理。
黑龙江省农副产品加工机械化研究所更名为黑龙江省农业机械工程科学研究院佳木斯农业机械化研究所。更名后，黑龙江省农业机械工程科学研究院佳木斯农业机械化研究所隶属黑龙江省农业机械工程科学研究院，公益二类，按正处级事业单位管理。
黑龙江省农业机械运用研究所更名为黑龙江省农业机械工程科学研究院绥化农业机械化研究所。更名后，黑龙江省农业机械工程科学研究院绥化农业机械化研究所隶属黑龙江省农业机械工程科学研究院，公益二类，按正处级事业单位管理。
2021年4月7日，根据根据中共黑龙江省委机构编制委员会文件《关于印发黑龙江省农业科学院及所属事业单位机构改革方案的通知》（黑编[2021]73号），黑龙江省农业机械工程科学研究院齐齐哈尔农业机械化研究所更名为黑龙江省农业机械工程科学研究院齐齐哈尔分院，黑龙江省农业机械工程科学研究院佳木斯农业机械化研究所更名为黑东江省机械工程科学研究院佳木斯分院，黑龙江省农业机械工程科学研究牡丹江农业机械究所更名为黑龙江省农业机械工程科学研究院牡丹江分院，黑龙江省农业机械工程科学研究院绥化农业机械化研究所更名为黑龙江省农业机械工程科学研究院绥化分院。黑龙江省农业机械工程科学研究院齐齐哈尔分院、黑龙江省农业机械工程科学研究院佳木斯分院、黑龙江省农业机械工程科学研究院牡丹江分院、黑龙江省农业机械工程科学研究院绥化分院等4个机构作为黑龙江省农业机械工程科学研究院分支机构，实行一个机构、多个分支的管理模式。各分支机构隶属关系、机构类别、机构规格、主要职责任务、内设机构、事业编制数、领导职数、经费形式等机构编制事项均保持不变。
1959～1963 吕洪儒 黑龙江省农业机械化研究所 所长
1963～1968 刘瑞生 黑龙江省农业机械化研究所 所长
1969～1970 丁振铨 革命领导小组 组长
1970～1975 刘瑞生 革委会 主任
1975～1978 吕洪儒 革委会 主任
1984～1985 高宪章 黑龙江省农业机械化研究所 所长
1985～1992 李光中 黑龙江省农业机械化研究所 所长
1992～2002 赵纪昌 黑龙江省农业机械化研究所 所长 黑龙江省农业机械工程科学研究院 院长
2002～2012 何堤 黑龙江省农业机械工程科学研究院 院长
2015～2022 石铁 黑龙江省农业机械工程科学研究院 院长
院长：主持院全面工作。
电话：0451-87503935 86668190
副院长：甘露 负责院人事工作、科研工作，分管人事处、科学技术管理处。
电话：0451-86658259
副院长：富相奎 负责院党建工作、成果转化工作，分管党委办公室、成果转化中心、农业装备中试基地。
电话：0451-87503523
副院长：侯旭 负责院财务工作、行政后勤事务，分管财务审计处、院长办公室。
电话：0451-86635885
副院长：蔡晓华 负责院试验平台建设、行业学会、《农机化研究》杂志工作，分管农业机械试验中心、行业学会办公室、编辑部。
电话：0451-86606238
纪委书记：杨君喜 负责院纪检工作，呼兰院区总负责人，配合各分管副院长开展好各项工作。
电话：0451-57312610
《农机化研究》是黑龙江省农业机械工程科学研究院与黑龙江省农业机械学会联合主办的学术类期刊，主管单位为黑龙江省农业科学院，创刊于1979年，月刊，页码为268页，国内外公开发行。目前，刊物的读者为：相关大专院校的教师（包括硕士生、博士生）、科研院所的技术人员、农机系统的相关人员，以及各加工企业的技术人员。主要栏目：一是农业发展新视点，提供农业发展前瞻性内容；二是农机化工程与综合述评，提供对农机化的系统把握和最新理解；三是理论研究与探讨，提供农机（大农机）的基础理论研究与最新研究方法；四是设计制造，提供农业机械最新成果及相关的制造技术；五是试验研究，提供农艺、农机的试验情况，作为设计人员的参考资料；六是新技术应用，提供计算机技术、自动化技术等在农业工程领域的应用情况；七是环境与能源动力工程，提供农电、动力及农业环境与生物质能源等方面的内容。
自创刊以来，历届编委及编审人员以交流大农业概念下（包括农、林、牧、副、渔）的机械化、电气化、自动化、信息化的学术、科研成果以及与之相关的综合性述评为办刊宗旨，严把质量关，使期刊的学术地位与知名度日渐提高，自1988年起连续9届被国家权威部门确认为全国中文核心期刊。目前，已被“万方数字化期刊群”、“中文科技期刊数据库”、“重庆维普资讯中文期刊数据库”“中国核心期刊（遴选）数据库”及“超星数字化图书馆”全文收录，2018年被日本JST数据库收录，2020年被CABI数据收录,2020年，被评为“中国农林核心期刊”（2020版）（A类）。期刊近十年文献的学科分布分别为农业工程、自动化技术、农业基础科学、计算机软件及计算机应用、园艺、植物保护、农业经济、农作物、畜牧与动物医学等。期刊近十年文献的关键词分布分别为采摘机器人、仿真、拖拉机、PLC、有限元分析、播种机、玉米等。目前，期刊发行覆盖全国各农业工程领域单位及各地情报、图书部门；稿件来源于全国300余所本科院校，200余所专科院校及100余个科研、生产单位。
黑龙江省农业机械学会成立于1960年，是黑龙江省农业农村厅主管的省级学会，是我省农业机械和工程领域科技工作者及相关单位自愿组成的非营利性社会团体，挂靠单位为黑龙江省农业机械工程科学研究院。目前学会拥有个人会员1300余人，单位会员20家。现为第十一届理事会，有理事66人，常务理事25人。学会是中文核心期刊《农机化研究》的主办单位。
近年来，学会在省科协和学会理事会的领导下，坚持立足农机科技发展，推动技术转化升级，加强科学普及，促进学术交流，助力精尖人才培养，团结带领广大农机科技工作者开拓进取、奋发有为，为支撑我省农机化科技事业发展、促进农机科技人才成长做出了重要贡献。
中国农业机械学会农机维修分会成立于1963年，是针对全国农机维修系统成立的学术组织，由全国农业机械维修领域科技工作者及相关单位凝结而成的全国性、学术性、非营利性社会团体，挂靠单位为黑龙江省农业机械工程科学研究院。分会现为第十一届委员会，有委员58人，主任、副主任委员9人。
中国农业机械学会农机维修分会是联系我国农业机械维修领域科技工作者的桥梁和纽带，亦是发展我国农机维修事业的重要社会力量。分会自成立以来始终坚持创新发展理念，发挥科技人才优势，为推进我国农机维修事业的高质量发展、农机维修领域人才的培养做出了重要贡献。